Ces programmes de deuxième cycle en sciences forestières, en sciences du bois et en agroforesterie forment des spécialistes, des gestionnaires et des chercheurs appelés à contribuer à une meilleure gestion de la forêt, de l'écosystème forestier, des pratiques agroforestières mais aussi à l'amélioration des connaissances et au développement des produits du bois. 

• Maîtrise professionnelle en agroforesterie
• Maîtrise de recherche en agroforesterie (avec mémoire)
• Maîtrise de recherche en sciences du bois (avec mémoire)
• Maîtrise professionnelle en sciences forestières
• Maîtrise en Écologie, Biodiversité, Évolution et Sciences forestières (bidiplôme international)
• Maîtrise de recherche en sciences forestières (avec mémoire)
• Microprogramme de 2^e cycle en agroforesterie (à distance ou en classe)
• Microprogramme de 2e cycle en construction intégrée en bois (à distance)