Événements

Camp forêt des profs 2019

13 août 2019 au 15 août 2019

Lieu : Duchesnay

La Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique est partenaire de l'organisation du Camp forêt des profs de l’Association forestière des deux rives. Le Camp forêt s'adresse aux intervenants du milieu scolaire (enseignants, conseillers en orientation et conseillers pédagogiques des niveaux primaire, secondaire et collégial) et aux animateurs scouts.

Durant ce séjour, les participants inscrits auront la chance de découvrir la forêt sous tous ses aspects et rencontrer des spécialistes reconnus pour leur passion et leurs connaissances du milieu forestier.

Au programme, des activités diversifiées abordant tous les volets de la foresterie seront proposées; incluant des visites en forêt, des visites d’usines, des conférences, des ateliers et d’autres activités pédagogiques.

Informations supplémentaires :

http://www.af2r.org/education-forestiere/camp-foret-des-profs/

Soutenance de thèse de M. Julien Ponchart

30 août 2019 13 h 30-17 h

Lieu : Pavillon Gene.-H.-Kruger, Salle 2320-2330

Titre de la thèse : Explorative metabarcoding of Abies balsamea L. Mill. Endomycobiota

Résumé

L’étude des champignons endophytes, ainsi que celle des autres composants du microbiote des plantes, a fortement bénéficié du développement des techniques de séquençage à haut débit. Ces progrès technologiques ont notamment permis la popularisation du métabarcoding, une approche servant à identifier les composants de la biodiversité et d’étudier leur distribution au sein d’échantillons environnementaux grâce à leur contenu en ADN. L’abondance des données produites, ainsi que la standardisation de la préparation des échantillons permises par ces techniques de séquençage ont modifié en profondeur la perception de l’ampleur de la diversité fongique. Cependant, les préceptes de l’endophytologie fongique restent majoritairement dictés par les études basées sur les mises en culture bien qu’elles ne parviennent, comme l’ont démontré les études moléculaires, qu’à récolter une partie de la diversité fongique. Les techniques de séquençage à haut débit ne sont pas sans biais elles aussi puisqu’elles tendent à majorer les estimations de la biodiversité même avec les analyses les plus poussées. Les objectifs principaux de cette thèse étaient tout d’abord de développer une approche analytique rigoureuse afin d’estimer de façon conservatrice la biodiversité associée aux données issues du pyroséquençage 454; puis, de développer une meilleure compréhension de la structure de l’endomycobiote des arbres en milieu forestier tout en remettant en question les conclusions des études basées sur les mises en culture.

L’hypothèse que la sélection d’un sous fragment du code-barres moléculaire fongique, basée sur des propriétés particulières, pourrait si ce n’est identifier formellement ces séquences comme erronées, du moins limiter leur effet sur l’estimation de la biodiversité a été testée. Le fragment considéré se compose du résidu de la petite sous-unité ribosomique (pSSU) situé à la suite de l’amorce ITS1F, et de l’espaceur transcrit interne 1 (ITS1). Dans le premier chapitre, l’analyse de l’endomycobiote d’un unique sapin baumier a montré qu’utiliser le fragment pSSU-ITS1 en lieu et place de seulement l’ITS1 améliore la sensibilité de la détection des chimères et conduirait à regrouper les séquences potentiellement erronées avec les séquences réelles et abondantes dont elles déviaent, permettant ainsi de réduire la formation des singletons et doubletons. Baser les analyses sur le fragment pSSU-ITS1 n’affecte pas les conclusions sur la structure de la communauté des champignons endophytes. Le second chapitre a confirmé que les champignons endophytes présentent une certaine spécificité de tissu puisque l’endomycobiote des branches de sapins baumiers se divise selon le type de tissu considéré plutôt que de former une entité ubiquitaire uniformément répartie dans l’ensemble des branches. Enfin, le dernier chapitre montre que les mécanismes impliqués dans la colonisation de la plante hôte par les champignons endophytes se révèlent d’une complexité et d’une dynamique plus importantes que le processus d’accumulation passive suggéré par les études basées sur les mises en culture: les quatre dernières cohortes d’aiguilles de sapins baumiers étudiées présentant une diversité relativement conservée, mais des communautés différentes.

Informations supplémentaires :

Membres du jury

Président

M. André Desrochers
Université Laval, Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique

Examinateurs

M. Louis Bernier
Université Laval, Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique

M. Jean Bérubé
Centre de foresterie des Laurentides

M. Richard Bélanger
Université Laval, Faculté des sciences de l'agriculture et de l'alimentation

Mme Christine Martineau
Centre de foresterie des Laurentides

M. Jan Stenlid
Swedish University of Agricultural Sciences